남국선원은 일제강점기인 1941년 고경스님이 움막을 지어 살았다는 유래가 전해 내려오나 기록으로 남겨진 것은 없다.

이후 혜국 스님(남국선원 선원장)이 1969년 움막을 지어 수행하던 자리에 1977년 인법당과 요사를 건립하면서 남국선원을 개원하게 된다.

남국선원은 전국 납자들이 몰려들면서 1990년부터 95년까지 대규모 불사에 들어가 231㎡규모의 대웅전과 2층으로 된 330㎡ 규모의 무문관과 제방선원을 완공했다. 이후 330㎡에 이르는 누각 형태의 시민선방과 198㎡규모의 지대방 그리고 삼성각·종각·보현실 등 수행도량의 면모를 갖추게 된다.

남국선원 스님들의 수행 열기는 재가불자들에게도 고스란히 전해져 안거기간 동안 시민선방에서는‘참나’를 찾고자 하는 구도의 열기가 높다.